تشكل من الخبرات الأكاديمية والتربوية والشخصيات الاجتماعية والاقتصادية بقرار من رئيس مجلس منطقة مكة المكرمة ويختص بتقديم الإسناد والدعم العلمي والأدبي لفروع الجائزة وتتولى الأمانة العامة للجائزة التنسيق بين اللجان العلمية ولجنة الجائزة.

تُشكل من أعضاء مجلس منطقة مكة المكرمة بقرار من رئيس المجلس. وتعتبر الهيئة الإدارية العليا المختصة بعمليات التخطيط وصناعة القرار ورسم الاستراتيجيات المستقبلية لضمان تحقيق الأهداف المخطط لها وضمانا استمرارية الجائزة بوتيرة متصاعدة وأداء متطور وتتولى على وجه الخصوص المهام التالية:

- تحديث وتطوير السياسات العامة للجائزة.

- تقويم الأداء العام للجائزة وانعكاساتها التطويرية.

- تحديد الموارد التمويل وإقرار ميزانية الجائزة.

- التوصية باعتماد النتائج النهائية.